Ngày 8 tháng 11 năm 2015, Đảng NLD của bà Suu Kyi giành thắng lợi áp đảo trong cuộc tổng tuyển cử khi giành được 126 ghế trong quốc hội. Tuy nhiên, hiến pháp Myanmar do quân đội soạn thảo năm 2008 cấm bà Suu Kyi làm tổng thống vì người chồng quá cố Michael Aris và hai con trai của bà đều mang quốc tịch Anh, do vậy bà nói là sẽ đứng trên tổng thống.

Ngày 30 tháng 3 năm 2016, bà được giữ hai chức vụ ngoại trưởng và chánh Văn phòng Tổng thống Miến Điện. Ngày 2 tháng 4 năm 2016, bà chính thức trở thành cố vấn quốc gia Miến Điện, một chức vụ được tạo ra riêng cho bà. Các đại biểu quốc hội thuộc quân đội đã phản đối chức này cho đó là vi hiến và tẩy chay bỏ phiếu. Sự phối hợp nhiều công việc có nghĩa là bà sẽ giám sát cơ quan tổng thống, quyết định chính sách đối ngoại và phối hợp những quyết định giữa ngành hành pháp và các lãnh tụ quốc hội. Tuần trước bà đã được phong làm bộ trưởng bộ giáo dục và bộ năng lượng nhưng đã từ bỏ 2 chức vụ này trong tuần này.[82]

Khủng hoảng chính trị năm 2017

Aung San Suu Kyi bị chỉ trích vì sự im lặng và thiếu hành động của mình đối với vấn đề người Hồi giáo thiểu số ở Myanmar, cũng như không ngăn chặn việc vi phạm nhân quyền của quân đội đối với nhóm này[83][84][85] Bà đã đáp trả: "Hãy chỉ cho tôi một quốc gia không có vấn đề nào về nhân quyền"[86]

Tháng 8 năm 2017, Aung San Suu Kyi bảo vệ hành động của chính phủ, nói rằng chính phủ Myanmar "đã bắt đầu bảo vệ tất cả mọi người ở Rakhine một cách tốt nhất có thể và nói rằng truyền thông (phương tây) không nên đưa ra các thông tin sai lệch"[87] Phản ứng của bà sau đó đã bị chỉ trích bởi các nhà lãnh đạo như Desmond Tutu.[88] The Economist đã chỉ trích lập trường của bà Suu Kyi, lập luận rằng: "bạo lực ở Rakhine đã đạt đến mức tán tận lương tâm không còn thể biện minh cho sự thụ động liên tục nữa." [89]

Xem thêm Cuộc đàn áp người Rohingya tại Myanmar 2016-17